Bylo by špatně “They had been living here for many years.”? Připadá mi to nejsamozřejmější, bohužel to nebylo v nabídce, tak jsem si s tím nevěděla rady, minulý mi tam neseděl…
Pokud byste chtěla použít předminulý čas, úplně by stačila prostá forma, není tam žádný údaj, který by podmiňoval průběhový čas. Ale kvůli spojce THEN na začátku další věty úplně stačí minulý prostý čas, protože je jasně určena posloupnost dějů…