Ještě bych to trošku doplnila.
BY je v případě, kdy ten nástroj není záměrně použitý. Auto nebylo
použito k přejetí zvířete. Auto to zvíře prostě přejelo. Zvíře bylo
přejeto autem – by a car.
Stejně tak třeba: I was bitten by a dog.
Srovnej:
He hit me with a stone. = Praštil mě kamenem. (Můžu říct „I was hit
with a stone by him.“)
I was hit by a stone. – ten kámen spadl a praštil mě