Podle mého názoru (pokud špatného, tak mě prosím opravte):
She was dead before the doctor had arrived – tady předpřítomný čas
vyjadřuje, že ještě než tam ten doktor stihnul přijet, tak byla mrtvá.
Kdyby tam nebyl předpřítomný, tak to jednoduše vyjadřuje posloupnost
dějů, ona umřela předtím, než dorazil doktor.
Vaše první věta ale vyjadřuje obyčejnou posloupnost dějů. Nejprve
všechno připravila, potom odešla. Nikoliv, že ještě než stihla odejít,
tak všechno připravila.
Pro lepší pochopení:
She prepared everything before she left so that she wouldn't have to do
it later when she is tired – Připravila vše než odešla, aby to
nemusela dělat později, když bude unavená. S předminulým tam je
jednoduše důraz na to, že ještě než odešla, tak už to bylo hotový a ta
zvýrazněná část výše už by tam nedávala smysl. Předminulý by tam byl
např. v tomto kontextu: She had prepared everything before she left
because she knows how to do it. Ještě než odešla, tak už
měla všechno hotové, protože ví, jak na to.
She had prepared everything before she had left.
- podle mě naprostý nesmysl