Jaký je rozdíl při použití modálu? Měl jsem např. “I could not see them…” – lze poznat, že to je “neviděl jsem je” nebo že jsem je nemohl vidět, protože jsem přišel později?

Podle mne:
I couldn't see them. – Neviděl jsem je.
I can't have seen them. (resp. I couldn't have seen them) – Nemohl jsem je vidět. Určitě jsem je neviděl.

I didn't see them – Neviděl jsem je. Někdo se vás zeptá, jestli jste viděl jeho rodiče k kině, neviděl. – I didn't see them.

I couldn't see them – Neviděl jsem je. (Nemohl jsem je vidět.) – Možná tam byli, ale vy jste je nemohl najít, byla tam zeď, kouř, prostě jste je nemohl vidět. Neměl jste tu možnost, nešlo to. – I couldn't see them.

I couldn't have seen them – Vím, že odletěli na dovolenou, vezl jsem je na letiště, a tak se na vás divně podívám a řeknu, jak jsem je asi mohl vidět? Vždyť určitě odletěli, takže jste je tam prostě vidět nemohl. – I couldn't have seen them!

CAN SEE (HEAR, FEEL, SMELL, TASTE) se používá pro vyjádření toho, co běžně dělá průběhový čas, tedy že se něco děje v určitou chvíli. Zmíněná slovesa se v běžném významu v průběhovém čase nepoužívají.
Tedy I can see. = Vidím. (zrovna teď)
v minulosti
I could see.

Tento způsob patří spíš do britské angličtiny, v americké lze říci normálně
I see. / I saw.

Co se týče rozpoznání mezi použitím I could jako “Mohl jsem” x “Mohl bych”, tak tam vždy záleží na kontextu, který by měl objasnit, o co se jedná.
Pokud je Vám něco nejasné i s kontextem, pak vězte, že je to v tu chvíli pravděpodobně nejasné i rodilým mluvčím.